토요학교는 관내 학교를 4개 권역으로 나누어 운영하고 있으며 1권역과 2권역은 김포 시내를 중심으로 학생들이 직접 찾아와서 참가하는 프로그램으로 1권역 중심학교인 사우초등학교는 가야금, UCC동영상, 고급 중국어, 독서논술을 운영하고 있으며, 2권역 양도초등학교에서는 북아트, 독서논술, 배드민턴 의 프로그램을 운영, 학생들이 자신이 배우고 싶은 강좌를 직접 찾아와 신청, 수강하는 프로그램으로 학기 중에 배우기 힘든 강좌를 개설해 학생들의 소질 계발과 사교육비 경감에 앞장서고 있다.

또한 농산어촌에 위치한 3권역과 4권역에서 버스를 운행하여 인근학교 학생들이 중심학교에 모여 특별 프로그램 수강하는 프로그램이다. 3권역 중심학교인 서암초등학교에서는 독서 논술, 과학창의, 모듬북, 폼아트를 운영하고 있으며, 4권역 중심학교인 양곡초등학교에서는 독서 논술, 회화 등을 운영하고 있다. 이렇게 권역별 토요학교 운영은 학생들의 특기신장 뿐 아니라 학부모들에게 토요휴업일에 학생지도의 안정성을 보장하여 커다란 호응을 받고 있다.

토요학교에 참석한 발단 막살(옹정초 4 학생)은 “폼아트는 학교에서 배우지 못했는데 토요학교에서 배우게 되어 기쁩니다. 작품을 완성해서 집에 가져갔더니 부모님도 좋아하셨어요. 저는 토요학교 오는 것이 기다려집니다.”라고 말했다.

토요학교에 학생을 보낸 학부모 조정순(서암초 이예린 모)씨는  “토요휴업일에 집에서 혼자 있는 시간이 많았는데 이렇게 좋은 프로그램을 접할 수 있어서 행복합니다. 우리 아이도 토요휴업일을 무척 기다립니다.”라며 토요학교 운영에 긍적적 반응을 보였다.

토요학교 운영은 서로 다른 학교 학생들이 모여 재미있는 프로그램으로 서로 동화되며 서로의 작품을 보고 배우는 색다른 계기로 인해 학생들에게는 꿈을 학부모에게는 사교육비 경감이라는 두 마리 토기를 잡고 있어 김포방과후학교 만족도를 높이는데 기여하고 있다.